El conjunt de flautes travesseres funciona de manera estable des del curs 2010-2011 i està obert tant a alumnes del centre com a flautistes externs (músics amateurs, alumnes que no són de l'escola i alumnes per als quals la flauta és el segon instrument). Aquest conjunt té com a objectiu principal la interpretació del seu repertori específic, a més del treball tècnic concret de la flauta travessera mitjançant les dinàmiques pròpies de l'assaig i la interpretació en un grup instrumental.
El Conjunt de flautes travesseres està dirigit per la Meritxell Carbonell.
